C'est d'abord un philosophe des mathématiques. Il se distingue également par ses recherches sur la phénoménologie où il propose une réflexion originale sur la phénoménologie husserlienne et le concept central d'ego.
Jean-Toussaint Desanti a enseigné la philosophie aux écoles normales supérieures de la rue d'Ulm et de Saint-Cloud ainsi qu'à la Sorbonne. Il a eu pour élèves Michel Foucault et Louis Althusser, dont il a fortement influencé l'engagement politique, et a dirigé notamment la thèse de Doctorat d'État de Jacques Derrida (1980) et celle de Souleymane Bachir Diagne.
Il a donné de nombreux entretiens, où il expose sa conception de la philosophie : « Un philosophe est un flambeur », il se doit de remettre en jeu son savoir, ses idées, à chaque moment, en jouant le tout pour le tout tel un joueur de « poker ».
